يدير المركز مجلس يرأسه مدير المركز ويضم في عضويته رؤساء الأقسام العلمية المتخصصة فيه واثنين من ذوي الخبرة والاختصاص في مجال نشاطه من خارج المركز، ويتولى المجلس اقتراح السياسة العامة للمركز في المجالات العلمية والمالية والإدارية ومتابعة تنفيذها، فضلاً عن اقتراح الخطة العلمية السنوية وبرامج نقل التقنية الحديثة إلى الميدان التطبيقي ومتابعة تنفيذها وتقويمها.